Pada awal pembentukan institusi Badan Litbang Pertanian tersebut, di Bali dibentuk IP2TP Denpasar yang berada dibawah BPTP Karangploso Jatim. Sementara sebelumnya IP2TP Denpasar adalah institusi Balai Informasi Pertanian (BIP) Bali yang berada dibawah Badan Diklat Pertanian. Oleh karena itu, pada awal berdirinya IP2TP Denpasar dominan tenaganya berasal dari Penyuluh BIP, sementara tenaga peneliti baru ada setelah adanya mutasi dari Balai Penelitian (Balit) dan Pusat Penelitian (Puslit) lingkup Badan Litbang Pertanian. Sejalan dengan perkembangan situasi dan kebutuhan inovasi teknologi pertanian, maka pada bulan Juni 2001 melalui SK. Mentan No. 350/KPTS/ OT.210/6/2001, IP2TP Denpasar ditingkatkan statusnya menjadi BPTP Bali setara dengan BPTP lain yang ada di setiap provinsi seluruh Indonesia. Keberadaan BPTP berada dibawah koordinasi Balai Besar Pengkajian dan Pengembangan Teknologi Pertanian. Melalui dana APBN (Proyek Badan Litbang Pertanian) sejak tahun 1997 sampai 2002 BPTP Bali selalu mendapat anggaran renovasi dan perbaikan gedung kantor, sehingga pada tahun 2001 sarana gedung kantor BPTP Bali telah dianggap cukup lengkap maka pada tanggal 5 September 2001 dilakukan peresmian dan penandatanganan prasasti Gedung Kantor BPTP Bali oleh Gubernur Bali